Очистка водных объектов от ксенобиотиков, в том числе от нефти и нефтепродуктов, является одной из самых сложных и трудоемких задач. Сложность очистки природных водных объектов связана с динамичной водной средой как в реках и озерах, а так же с разнообразием процессов трансформации нефти, которые происходят в воде. Наиболее развитыми являются технологии и средства сбора нефти и нефтепродуктов с поверхности водных объектов. За рубежом разработаны и применяются для очистки донных отложений от нефти пестицидов, гербицидов энергоемкие и затратные технологии. В России предпочтение отдается менее затратным технологиям, причем во многих технологиях применяются микроорганизмы углеводородов, сорбенты водные придонные обитатели.
Знание современного состояния и прогноз изменений природных условий и ресурсов необходимы для оценки систем природопользования, построения стратегии устойчивого развития.