Андрей Александрович Благинин имеет Благодарность Президента Российской Федерации, Медали «За отличие в военной службе» I, II и III степени, 7 юбилейных медалей.
Андрей Александрович автор более 280 научных трудов, в том числе: 6 монографий - «Надежность профессиональной деятельности операторов сложных эргатических систем» (2006), «Ранние признаки нарушения школьной адаптации» (2010), «Гипоксическая тренировка как метод коррекции пограничных функциональных состояний» (2015) и др.; 4 учебников и 26 учебных пособий «Патофизиология» (2005), «Военная психология и педагогика» (2006), «Физиология военного труда» (2011), «Методы исследования в психологии и физиологии труда» (2012), «Исследование личности в психологии и физиологии» (2016), «Авиационная и космическая медицина с ФЛТ» (2017) и др.
Под его руководством было защищено более 10 кандидатских диссертаций по психологическим и медицинским наукам.
Андрей Александрович Благинин действительный член (академик) Российской академии космонавтики им. К.Э. Циолковского; Академик Международной Балтийской педагогической академии; Член двух диссертационных советов; Член редсовета журнала «Авиакосмическая и экологическая медицина»